Hipatia (significa "a máis grande") naceu en Alexandría (Exipto) no ano 370. Era filla de Teón, un filósofo e matemático da época que traballou no museo fundado por Tolomeo. Non era o máis común, pero Teón quixo que a súa filla seguise os seus pasos. A súa formación desenvolveuse, principalmente, desde o propio Museo de Alexandría e chegou a converterse nunha autoridade nos campos da filosofía (platónica) e das matemáticas. No ano 400 o seu coñecemento era tal, que a nomearon directora do Museo, ao que nese momento pertencín a Biblioteca, o lugar que máis saber humano gardou en toda a historia da humanidade.
Durante a época de Hipatia, Alexandría atopábase nun momento sumamente conflitivo, os cristiáns facíanse fortes e comezaron a acurralar aos pagáns.
Pero Hipatia era pagá e tocoulle vivir en tempos duros para o paganismo. A súa situación chegou a ser moi perigosa naquela cidade que se ía facendo cada vez máis cristiá. Os filósofos neoplatónicos como Hipatia pronto se viron perseguidos. Algúns se converteron ao cristianismo, pero Hipatia non consentiu niso a pesar do medo e dos consellos dos seus amigos como o caso de Orestes, prefecto romano e alumno seu, que non conseguiu nada a pesar dos seus rogos. Hipatia resultou ser para os seus inimigos, non unha muller científica senón unha bruxa perigosa.
Un día, cando regresaba a casa na súa carruaxe despois de dar un paseo, un grupo de fanáticos dirixidos por un tal Pedro sacárona da carruaxe, golpeárona, espírona e arrastraron polas rúas da cidade ata chegar ao un templo chamado Cesáreo. Alí continuaron coa tortura cortando a súa pel e o seu corpo con cunchas de caracolas afiadas, ata que morreu. A continuación descortizaron o seu corpo e levárono a un lugar chamado Cinaron e alí finalmente queimárono. Deste xeito creron dar morte ao que eles chamaban idolatría e herexía.
Era un día da coresma do mes de marzo (algúns suxiren que foi o día 8 que hoxe é o Día internacional da muller) do ano 415.
Orestes, o prefecto romano amigo e alumno de Hipatia informou dos feitos e pediu a Roma unha investigación. Pero por «falta de testemuñas», foise atrasando, ata que chegou un momento en que o propio bispo Cirilo asegurou que Hipatia estaba viva e que habitaba na cidade de Atenas.
As súas obras tamén foron queimadas...